早期外科手术切除肿瘤是治疗小肠肿瘤的方法。良性肿瘤中平滑肌瘤、腺瘤及纤维瘤都有发生恶变的可能，尤其是腺瘤，被认为是癌前病变，所以应该及早切除。良性肿瘤若无严重并发症，手术切除后预后良好。恶性肿瘤常因难以获得早期诊断，当明确诊断时多数病人已有转移，因此预后较差。小肠恶性肿瘤采用放射治疗或化学治疗作为辅助治疗，可能会收到一定疗效。
