结肠炎病多缓慢，病情轻重不一，易反复发作，结肠炎的治疗主要分为内科治疗和外科治疗。内科治疗是通过药物治疗调节免疫功能，使得结肠炎症状得以缓解，防止复发和引发并发症。严重者根据实际的情况需要进行外科治疗即手术治疗。
西医治疗：
（1）抗感染药：水杨酰偶氮磺胺吡啶对治疗各部结肠炎，防止并发症有较好疗效。有的引起恶心、呕吐、头痛、皮疹、粒细胞减少、贫血和肝功能不良。如不见效和有不良反应，可改用甲硝哒唑。新霉素和酞磺噻唑也有效用。
（2）激素治疗：肾上腺皮质激素、氢可的松和强的松可改进全身状况，使病程缓解，排粪次数减少，复发症状减轻和食欲增加。但也有的病人效果不好，并可使溃疡穿孔，出血和愈合缓慢。
（3）止泻药：可减少排粪次数，减轻腹痛，常用复方苯乙哌啶、可待因和复方樟脑酊。止泻药物对急性发作的溃疡性结肠炎可能引起中毒性巨结肠，应慎重使用。也可给镇静药物和解痉药物。
（4）免疫抑制药：硫唑嘌呤，每日1次，可改变病的进程，抑制临床表现，但不能改变基础病，常用于静止期减少复发，也可能中毒，应加注意。6硫基嘌呤（6-MP）与激素合用可减轻症状。
（5）保留灌肠：常用于直肠和乙状结肠炎，可减轻症状，促使溃疡愈合。
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