首选手术治疗，手术争取彻底切除，瘤体与周围组织粘连或已穿透周围脏器时应将粘连的邻近组织切除，不必广泛清扫淋巴结。姑息性切除或切缘阳性可给予甲磺酸伊马替尼以控制术后复发改善预后。伊马替尼能针对性地抑制c-kit活性，治疗进展转移的GIST总有效率在50%左右，也可以用于术前辅助治疗。完全切除的存活期明显高于不完全切除的病例。
其中伊马替尼是一种2003年上市的基因药物，靶定c-kit基因，通过了美国FDA的验收，主要是针对白血病研制的，不过现在也适用于治疗间质瘤。效果较好，有个体差异（前提条件是经CD117病理检测结果呈阳性）。主要是该药十分昂贵，一个疗程要10到15万，一年需要30万。目前印度有一种同成分的药，叫做VEENAT，售价不及其十分之一，效果相似。
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